委托商标代理机构办理商标注册的流程如下：

首先，商标代理机构会指导申请人准备申请文件，并确保其手续齐备。申请文件需要按照规定填写，并缴纳相应的费用。如果申请手续齐备、填写正确并已缴纳费用，国家知识产权局将受理申请。

如果申请手续不齐备、填写不正确或未缴纳费用，商标局将不予受理。如果申请文件基本齐备或填写基本正确，但需要补正，国家知识产权局会通知申请人进行补正。申请人需要在接到通知后的30天内，按照指定的内容补正并交回国家知识产权局。在规定期限内补正并交回的，将保留申请日期；逾期未补正或未按要求补正的，国家知识产权局将不予受理。

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