商标注册和版权登记在保护类别、保护时限以及保护范围上均存在显著的区别：

在保护类别上，商标主要保护的是已注册的特定类别，若需全类别保护，则需支付45个类别的费用，涵盖了商品和服务的各个方面。而版权登记则不分类别，它关注的是作品的原创性，无论文字、图像还是其他形式的作品，只要具有独创性，都可以进行版权登记。

从保护时限来看，商标的保护期限通常为十年，十年后需要续展，若未续展，商标权将丧失。而版权的保护期限则相对较长，通常为作者有生之年加上50年，登记后无需再进行续展。

在保护范围上，商标的保护力度相对较强，除了与注册商标完全相同的标识外，与其近似的标识也会受到保护。而版权的保护则主要针对完全相同的作品，对于类似的作品，其保护力度相对较小。

因此，企业在保护自身品牌和创意作品时，需要根据具体情况选择商标注册或版权登记，或者同时采取两种保护措施，以更全面、有效地保护自身权益。

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